Rischiando di fare confusione, è necessario però provare a precisare un paio di aspetti:
- l'audio in formato MP3 a bitrate variabile (VBR) è sicuramente supportato dal tuo lettore a prescindere dal fatto che sia superiore ai 128 kbps
- molto probabilmente il problema era legato semplicemente all'interleaving fra i due flussi, audio e video e questi problemi, molto spesso, si risolvono semplicemente utilizzando VDM in direct stream copy sia per l'audio che per il video, senza dover necessariamente intervenire/modificare uno dei due flussi.
In pratica, avendo modificato l'audio e avendo rifatto l'interleaving con VDM hai per forza di cose risolto, ma, molto probabilmente, risolvevi anche risalvando semplicemente il file con VDM, ma senza modificare l'audio.
Quanto sopra per correttezza, perchè i 128 kbps di audio MP3 non sono sicuramente un limite per il lettore, così come non lo è il bitrate variabile (VBR) o costante (CBR), entrambi pienamente supportati.

Detto questo, VDM ti permette di lavorare in batch, ossia di caricare tutti i file che vuoi, impostarne le modifiche e alla fine lavorarli tutti di seguito.