Se disponi di 2 files AVI e 2 files sottotitoli, in formato testo, quindi SUB o SRT, quello che devi, indicativamente, fare sono le seguenti operazioni:
- unisci i files AVI in un unico file con VDM
- apri il file sottotitoli della seconda parte con VobSub (se lo hai installato, basta premere il tasto destro sul file e, nel menù contestuale dovresti avere l'opzione edit with SubResync
- sincronizzi solamente questo file con riferimento all'AVI completo e unito modificando il tempo e salvando; ad esempio se le due parti del filmato fossero di 30 minuti ciascuno, più o meno, entrambi i singoli file sottotitoli inizierebbero a 0, mentre, dopo la sincronizzazione, il secondo file sottotitoli dovrebbe iniziare a 30.
- apri con notepad i due files sottotitoli separati e copi il contenuto del secondo (modificato come sopra) nel primo, ovviamente copiando il contenuto al termine del primo e salvi con notepad.
- riapri il file sottotitoli unico con VobSub come prima e risalvi nuovamente.
- per effettuare la sincronizzazione, devi ovviamente rimandare in riproduzione il file.
La cosa è più semplice e banale di quanto non sia spiegarla

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Naturalmente, i files sottotitoli devono sempre avere il medesimo nome del file AVI cui si riferiscono.
PS. Quando sottotitoli e file di riferimento hanno il medesimo nome, il player dovrebbe caricarli automaticamente; di sicuro avviene se hai installato VobSub: all'apertura del file AVI, nella barra di sistema dovrebbe comparire una FRECCIA VERDE, da cui accedi ai comandi relativi ai flussi, sottotitoli e/o AUDIO, presenti.